Diese Vorgabe kommt direkt von VW. Ich denke mit einem leeren System zu fahren wird nicht sonderlich gut für den Kompressor sein.
Ich würde das System auf jedenfall wieder befüllen lassen. Achte dabei auch darauf, dass die Menge des abgesaugten Kälteöls wieder mit eingefüllt wird.
Und eventuell solltest du die Werkstatt bei weiteren Klimaanlagenproblemen wechseln.
Gruß
Julian